汇算清缴流程主要包括以下步骤：

1. 纳税人登录电子税务局系统并输入纳税人信息。在电子税务局页面选择相应模块后，进行逾期税款清算申请报表填写并核对无误后进行网上申报、缴纳税费的确认及缴纳。

2. 提交申报表后，税务系统将自动校验报表数据的合规性，发现问题提醒及时更正或拒绝提交。

3. 清缴完成后税务稽查会对已完成的报表进行审核检查是否存在遗漏、误报等情况进行。对于存在的问题将下发整改通知书或处罚意见告知书，根据具体情况提出责令整改等措施进行处理。对财务报表也需要仔细审核并进行修改调整直至报表准确。具体操作方法可能包括现金流量核对分析表、资产负债表等报表的填制与核对等。此外，税务师还需要关注报表附注中有关重大事项的披露是否充分等。对于审计中发现的问题及时整改和纠正确保汇缴工作准确完整。如果需要进行修改的话应加盖公章进行书面说明并及时前往税务大厅进行办理。

以上流程仅供参考，实际操作可能因地区和企业情况有所不同，建议根据当地税务部门的要求和企业实际情况进行操作，如有疑问可以咨询税务部门或相关专业人士。