HDD是硬盘驱动器的缩写，而FAT32和FAT16则是文件系统的格式。二者之间的关系可以理解为硬盘驱动器中的分区可以采用FAT32或FAT16的文件系统格式。FAT32和FAT16作为文件系统格式，主要有以下区别：

1. 支持的单个文件大小：FAT32文件系统支持的单个文件大小最大可以达到4GB，而FAT16在单个文件容量方面较小。这对于存储大文件（如高清电影、大型软件等）来说，FAT32更为方便。

2. 存储效率与兼容性：FAT32比FAT16拥有更高的存储效率，并且可以支持更大的硬盘分区容量。此外，FAT文件系统被广泛应用于各种操作系统中，包括Windows、Linux等，因此FAT32和FAT16都具备良好的兼容性。但相对而言，FAT32的应用更为广泛。

因此，如果需要存储大文件或希望有更高效的存储效率，可以选择FAT32文件系统格式。如果需要兼容老旧系统或设备，则可以选择FAT系列文件系统格式中的合适选项。请注意，这些建议仅基于一般情况下的理解，应根据具体的硬件环境和使用需求选择合适的文件系统格式。同时建议在进行任何操作之前进行必要的备份以防止数据丢失风险。