MSATA和SATA3是两种不同的硬盘接口技术，它们的区别主要表现在以下方面：

1. 名称和定义：MSATA是一种迷你型的SATA硬盘接口规范，主要应用于超轻薄笔记本或者一些高端移动硬盘；而SATA3则是新一代SATA技术的硬盘接口规范。它扩展了包括提供高达固态硬盘特性的高达数千兆字节的最终传输速度的通信端口等功能，较常见的笔记本内置硬盘和台式机内置或外置硬盘都采用此接口规范。因此，MSATA是SATA的一种特殊形式或者说是子集。

2. 应用范围：MSATA主要应用于固态硬盘领域，特别是超轻薄笔记本或高端移动硬盘等需要更小体积的应用场景；而SATA3则广泛应用于各种类型的硬盘，包括固态硬盘和机械硬盘等。此外，由于MSATA是针对嵌入式应用的特殊设计，它也被用于嵌入式系统的存储解决方案中。这些系统的典型应用场景包括数码摄像机、平板电脑、GPS导航等小型电子设备。不过请注意，尽管MSATA具有体积小等优势，但在某些场景下其性能可能不如SATA接口硬盘。

综上所述，MSATA和SATA3在定义、应用场景和应用范围上有显著差异。更专业的产品鉴别和操作请交由专业人员实施。建议访问电子用品的市场行情和使用说明书等获得更为准确的使用和操作指导建议。