常用的保护计算机系统的方法有以下几种：

1. 安装和更新防病毒软件：定期安装和更新防病毒软件是保护计算机系统的基础措施之一。这些软件可以检测和清除计算机系统中的病毒和恶意程序。

2. 使用防火墙：防火墙是一种网络安全系统，可以监控和控制进出计算机系统的网络流量，防止黑客攻击和恶意软件的入侵。

3. 定期备份数据：定期备份重要数据是保护计算机系统的重要措施之一。在数据受到损失或系统崩溃时，可以从备份中恢复数据。

4. 密码保护：设置强密码并妥善保管，避免密码泄露，可以防止未经授权的访问和数据泄露。

5. 定期更新和打补丁：系统和应用程序的制造商会定期发布安全补丁和更新，以修复可能存在的安全漏洞。定期安装这些更新可以保护系统免受攻击。

6. 小心处理电子邮件和下载的内容：避免打开来自未知发送者的邮件或下载不明附件，以免受到恶意软件的攻击。

7. 访问安全网站：使用安全的网络连接，避免访问不安全的网站，以减少计算机受到攻击的风险。

8. 物理安全：对于重要的计算机系统，还需要考虑物理安全，如安装监控摄像头、使用门禁系统等，以确保硬件设备的安全。

总之，保护计算机系统需要采取多种措施，包括技术和管理方面的措施。只有采取全面的保护措施，才能确保计算机系统的安全和稳定运行。